Bei der Bestimmung von Ammonium wird stets das Gesamtsystem NH₄⁺ / NH₃ erfasst, daher muss zur Beurteilung, welcher Massenanteil davon dem NH₃ zufällt, vor allem der pH-Wert bekannt sein. Der Tatsache das im Tag-Nachzyklus stehender Gewässer sowohl die Temperatur als auch der pH-Wert beträchtlich schwanken können, ist besondere Aufmerksamkeit zu schenken. Vor einer Behandlung des Wassers mit Kalk (Kalkung) wie sie insbesondere im Frühjahr vorgenommen wird , mit entsprechender Anhebung des pH-Wertes, muss stets der Gehalt an Ammonium ermittelt werden; er sollte keineswegs über 1 mg/l liegen. Freies Ammoniak ist extrem Fischtoxisch, ca. 1 mg/l NH₃ ist tödlich.
Das Gleichgewicht (NH₄⁺ / NH₃) ist Temperatur und vor allem PH-abhängig.
(siehe Tabelle)